Okulumuz Zeytinburnu Merkezefendi Mahallesi’ndedir. 1 Eylül 1967 tarihinde dört barakadan oluşan yapılarıyla eğitim-öğretime kapılarını açmıştır.1973 öğretim yılı başında tamamlanan bugünkü yapısına taşınarak eğitim öğretimi burada sürdürmeye başladı.

Okulun bulunduğu yerde eskiden hayvan bakılan, türlü ürünler yetiştirilen çiftlikler bulunuyordu. Bu nedenle "Çiftlik İlkokulu" adını aldı. Çiftlik İlkokulu'nda 1972 yılında Ana Sınıfı, 1988 yılında Kütüphane, 1990 yılında ise laboratuvar açılmıştır.

Çiftlik İlkokulu 1994- 1995 eğitim- öğretim yılında ilköğretim olmuş, adı da "Çiftlik İlköğretim Okulu" olarak değiştirilmiştir. 2010-2011 eğitim-öğretim yılında da "Merkezefendi İlköğretim Okulu" adını almıştır.

 Merkezefendi İlköğretim Okulu'nda 1999- 2000 öğretim yılına kadar ikili eğitim -öğretim yapılmaktaydı. 1999- 2000 öğretim yılında tekli eğitim-öğretime geçilmiştir. Okulumuz 2012-2013 eğitim öğretim yılında 6287 numaralı İlköğretim ve Eğitim Kanunu'nda yapılan değişik nedeniyle ilköğretim iken ilkokula dönüştürülerek adı da "Merkezefendi İlkokulu" olarak değişmiştir.     

2018-2019 eğitim-öğretim yılı 2. Dönemi’nde okulumuz kentsel dönüşüm faaliyetleri neticesinde Zeytinburnu Belediyesi kararınca yıkım sürecine girmiştir. Bu doğrultuda Atatürk İlkokulu’nda misafir olarak 13.30- 18.30 saatleri arasında eğitim öğretime devam edilmiştir.

 2019-2020 eğitim-öğretim yılı 2. Dönem itibariyle küresel bir salgın olan korona virüs salgını eğitim de etkilenmiştir. Bu doğrultuda eğitim-öğretime ara verilmeden ülke genelinde uygulanan ‘Uzaktan Eğitim’ modeline geçerek süreç yürütülmüştür.2020-2021 eğitim-öğretim yılının 2. Dönemi itibariyle kademeli olarak ‘Yüz Yüze Eğitim’ sistemi ile yeni binamızda tam gün eğitim-öğretim yapılmıştır.2021-2022 eğitim-öğretim yılı itibariyle yeni binamızda, tam gün eğitim sistemi ile 08.50-14.25 saatleri içinde eğitim- öğretime devam etmekteyiz.

Temel Eğitim Genel Müdürlüğünün 28/12/2022 tarihli onayı ile okulumuz bünyesinde bulunana anasınıfları kapatılarak Merkezefendi Anaokulu açılmıştır.  2022 yılının Aralık ayından itibaren ikili eğitim olarak eğitime devam etmektedir.

 Okulumuz, katıldığı çeşitli geziler, atölyeler, yarışmalar ve sosyal faaliyetlerde gösterdiği üstün başarıları, öğrencinin mevcudiyetinin az olması sebebiyle öğrenciyle birebir ilgilenme olanağının fazla olması ve deneyimli öğretmen kadrosu sayesinde, çevre okulları arasında tercih edilen okul durumuna gelmektedir. Hedefimiz her alanda şartları lehimize çevirerek, yapılabileceğin en iyisini başarmaktır.